Виробництво автомобілів другого покоління (внутрішній код 5J)почалося в грудні 2006 року, публіці вони були представлені наЖеневському автосалоні в березні 2007 року і надійшли в продаж учервні. Автомобілі використовували колишню платформу, але сталитрохи більше за габаритами.
Універсал Skoda Fabia Combi був офіційно представлений у вересні2007 року на автосалоні у Франкфурті. Продажі почалися в березні.Упорівнянні з першим поколінням нова Fabia Combi стала довшою, вищоюі мала більший багажник загальним об'ємом 480 літрів. Fabia першогопокоління, у модельному ряду Fabia другого покоління седанивідсутні. Радіатора, тривимірні гранені фари стали ширшими, підкреслюючи нові горизонтальні лінії передньої частини автомобіля.Гама двигунів була розширена до п'яти бензинових та трьохдизельних. Автомобілі отримали нові колеса і нову гаму кольорівкузова. Цього ж року, трохи пізніше, було представлено новийспортивний автомобіль Skoda Fabia RS, який оснащувався унікальнимбензиновим двигуном з подвійним турбокомпресором. За рахунок цьогодвигун робочим об'ємом всього 1, 4 л розвивав потужність 180 к.С., розганяючи автомобіль до швидкості 100 км/год за 7, 3, а максимальнашвидкість становила 225 км/год. Автомобіль мав новий переднійбампер, легкосплавні 17-дюймові колеса дизайну Джуджаро, пофарбовані у червоний колір гальма та задній бампер з дифузором таподвійними вихлопними трубами. Усередині були встановленіспеціальні спортивні сидіння з логотипом RS, триспицеве кермо тапедалі з нержавіючої сталі з гумовими вставками. У січні 2012 рокув лінійці моделей з'явилася обмежена серія Monte Carlo, присвяченій110-й річниці участі марки Škoda в автоспорті. Skoda Fabia MonteCarlo мала чорні молдинги збоку, чорний дах і зовнішні дзеркала, чорне облицювання радіатора і затінені фари. Легкосплавні16-дюймові колеса також були чорними. Автомобілі мали чорний абочорний з червоними вставками салон, спортивні сидіння та алюмінієвінакладки на педалі