Друге покоління Audi A6 дебютувало навесні 1997 року (незважаючина це модельний рік вже 1998 так як попереднє покоління випускалосяпаралельно). Воно базувалося на новій платформі C5, кузов мавзаводське позначення 4B. Друге покоління Audi A6 випускалося вкузовах седан і універсал (Avant), на його-ж базі був розробленийкросовер Audi A6 Allroad quattro.
Новий стиль автомобіля став «фірмовим обличчям» всієї лінійкиавтомобілів Audi. Новий кузов заслужив схвальні відгуки за свійдизайн, який і до цього дня не виглядає застарілим, і дозволив AudiA6 мати дуже низький для автомобілів свого класу коефіцієнтлобового опору 0, 28. Все це дозволило конкурувати A6 з лідерами всвоєму класі BMW 5 Серії і Mercedes-Benz E-Класу, а журнал Car andDriver включав Audi A6 в десятку кращих автомобілів в 2000 і 2001роках.
Також випускалися спортивні модифікації автомобіля A6 — Audi S6 здвигуном 4.2 л, а також була більш потужна модифікація Audi RS6 здвигуном 4.2 л з двома турбонагнітачами потужністю 450 к.С., булавипущена і обмежена серія Audi RS6 plus з двигуном 4.2 л, також здвома турбонагнітачами зі збільшеною потужністю 480 к.С., модифікація RS6 plus була доступна тільки в кузові «універсал».