Сильна перероблена C3 - С4 була представлена в 1991 році. Новамодель у виробництві з грудня 1990 (седан) і з серпня 1991 (універсал) по червень 1994. Audi V8 на платформі C3 продовжувалапродаватися як окрема лінійка . Зміною C4 був двигун об'ємом 2, 8 лV6 90 °, SOHC, 12-клапанний.Пізніше додався 2, 6 л варіант V6, 60 °.Опція у вигляді постійного повного приводу quattro була доступнадля всього модельного ряду, Audi 100 quattro була доступна з4-ступінчастою ZF автоматичною коробкою передач.
З 1995 модельного року Audi опускає з назви моделі число «100» іКрім того, на місце S4 приходить S6, проте ці моделі були незалежніодна від одної після того, як Audi в 1995 році замінила Audi 80 наAudi A4. Одночасно зі зміною назви в 1994 році Audi 100 зазнаєглибокого рестайлінгу:в екстер'єрі змінюються бампера, крила, капотпередня і задня оптика, в інтер'єрі змінюється оформлення сидінь іторпеди. У рестайлінгу було також враховано технічно слабкі сторонимоделі. Повнопривідні версії Quattro також отримали зміни, якщо наAudi 100 застосовується система Quattro II покоління, то Audi A6починаючи з 1995 року використовує вже Quattro IV покоління.дизайном Ауді A6 другого покоління. Усього з 1990 по 1997 рік буловипущено близько 927 000 автомобілів Audi 100/A6.