Третє покоління, що вийшло у 1999 році, його відрізнявреволюційний, але спірний дизайн для джипів тих часів, в минулеканули задній міст і торсіонна підвіска. Рама стала інтегрованою вкузов, що дозволило збільшити кліренс на 30 мм і на 50 мм опуститицентр ваги. Машина стала більш легкою в управлінні так само зарахунок незалежної пружинної підвіски всіх чотирьох коліс ірейкового рульового механізму. Трансмісія Super Select II отрималаміжосьовий диференціал з електронним управлінням, що дозволяєавтоматично перерозподіляти крутний момент між передніми і заднімиколесами в діапазоні від 33:67 до 50:50%, важіль на тунелі небільше ніж стилізована кнопка, так як всі перемикання відбуваютьсяелектронно.
Найбільш спірний момент у третього покоління був бензиновий (6G74 —3.5 л) двигун з системою безпосереднього вприскування GDI. Насосвисокого тиску дуже примхливий до якості палива, при цьому в СШАпоставлялася версія з двигуном 6G75 — 3.8 л без складних системупорскування. Дизельний (4M41 — 3.2 л) двигун з системою прямогоуприскування DI-D. З'явилася адаптивна п'ятиступінчаста автоматичнакоробка передач з можливістю ручного перемикання — INVECS II.Автомобіль для японського ринку комплектувався ксеноновими фарами, камерою заднього ходу і навігаційною системою. Кузови на вибір 5-тиі 3-х дверні, версії з м'яким дахом не було. Третій ряд сидіньзабирався в нішу в підлозі.
Кузов Pajero, створений за технологією Mitsubishi RISE, забезпечитьнадійний захист для водія і всіх пасажирів при ударі. Передні ізадні зони запрограмованої деформації розсіюють енергію удару, адуже жорсткий несучий кузов з потужною інтегрованою рамою і брусамибезпеки в дверях утворюють силовий каркас безпеки, що захищає людейв салоні в будь-яких ситуаціях. Система безпеки доповнена3-точковими ременями безпеки з преднатяжителями, фронтальними ібічними надувними подушками безпеки для водія і передньогопасажира.
У 2003 році представлений рейстайлінговий Mitsubishi Pajeroтретього покоління. З технічної точки зору оновлена версія нічим невідрізняється від свого попередника. Зміни торкнулися лише йогозовнішнього вигляду та інтер'єру. Завдяки круглим протитуманнимфарам і новій формі бампера, модернізований Pajero вийшов більшпідтягнутим. Зміни торкнулися і решітки радіатора:її широкухромовану окантовку і фірмову емблему червоного кольору змінилатонка і акуратна «окантовка» з хромованим значком. Колісні дискионовленого позашляховика — 6, а не 5-спиць, як у попередника.